En 1999, Airbus a lancé un programme d'amélioration des ses A340-300. Le constructeur s'est concentré sur 250 points précis de l'appareil pour en améliorer la fiabilité.

C'est ainsi qu'a été lancé l'A340-300E (Enhanced) doté de nouveaux réacteurs CFM56-5C4 avec une poussée accrue de 151 kN et dont le coût de maintenance est très réduit.

Parmi les autres améliorations figurent l'intégration d'écrans à cristaux liquides dans le poste de pilotage et un nouvel aménagement intérieur de la cabine, qui procure plus d'espace pour chaque passager. Le premier A340-300E a été livré à Singapore Airlines en avril 1996.