Le 747-400 en version passagère n'est plus en production. Il a laissé sa place au 747-8. Il a été rajouté des winglets en bouts d'ailes, un tout nouveau cockpit (dit Glass cockpit) permettant le pilotage à 2 (sans Officier Mécanicien Navigant (OMN), un réservoir de carburant supplémentaire dans le plan fixe horizontal de la dérive, des moteurs améliorés (General Electric CF6-80, Rolls-Royce RB211-524 et Pratt & Whitney PW4000) et un nouvel aménagement intérieur par rapport à la conception des 747-300. Le premier exemplaire est entré en service en 1989 pour la compagnie Northwest Airlines. Le 747-400 existe en plusieurs variantes, le « combiné » 747-400M, le transporteur de fret 747-400F, et le 747-400D (cette version n'est plus livrée depuis 1995) pour les liaisons intérieures japonaises. Le 747 était l'avion pouvant transporter le plus de passagers au monde avec au maximum 580 passagers avant l'arrivée de l'A380.